Di tengah Pulau Satonda terdapat danau yang airnya asin, dikenal sebagai Danau Satonda atau lebih dikenal oleh masyarakat sebagai Danau Motitoi. Keberadaan Danau Satonda menjadi komponen yang penting bagi keberlangsungan hidup flora dan fauna di Pulau Satonda. Danau Satonda

diketahui memiliki Iuas 2,5 km dengan bagian terdalamnya mencapai 70m Danau ini rnerupakan danau kawah yang terbentuk akibat Ietusan yang terjadi sekitar 10.000 tahun yang Ialu. Air Iaut memenuhi kawah dengan salinitas yang sangat tinggi, sehingga dapat tumbuh stromatolit. Disebut demikian karena berbentuk tonjolan bulat menyerupai kasur (stroma) dan (lithos).

Setelah stromolit tumbuh, terjadi pengangkatan sehingga air asin terjebak di dalam danau sampai sekarang. Kehadiran stromolit di Danau Satonda merupakan hal yang istimewa, karena syarat tumbuhnya stromatolit menyerupai ekologi Iaut purba Pra-Kambrium. Selain itu, hanya terdapat 3 danau air asin di dunia, salah satunya yaitu Danau Satonda.